Die DNA in dem untersuchten Komplex ist ein 35mer, das die H'-Bindestelle der lambda attP Anlagerungsstelle enthält:
AAAAAAGCATTGCTTATCAATTTGTTGCA TTTTTTCGTAACGAATAGTTAAACAACGT
Die drei für die Wechselwirkung mit IHF konservierten Sequenzstücke sind kursiv hervorgehoben.
Die Arme des Proteins greifen in die minor groove der DNA . Die konservierten Abschnitte der DNA werden durch Arg60 und Arg63 aus der alpha-Untereinheit sowie Arg46 aus der beta-Untereinheit erkannt. Ser47 aus der alpha-Untereinheit bindet an den dA/dT-Trakt . Die Knicke in der DNA werden durch Interkalation von konservierten Prolinresten der Arme (Proalpha65 und Probeta64) zwischen AT-Basenpaare bewirkt . Durch diese Einwirkung wird das basestacking aufgehoben und die minor groove geweitet. Das führt zu einer Richtungsänderung der DNA von etwa 80º an jedem der Proline . Die geknickte Struktur der DNA wird durch Wechselwirkung der Peptidkette im "Körper" von IHF mit Phosphatresten der DNA stabilisiert. Beteiligt sind in beiden Untereinheiten des IHF die Aminotermini der Helices und ein Turn zwischen beta-Strängen. Gezeigt sind hier die Kontakte auf einer Seite des Komplexes zwischen positiv geladenen Aminosäuren und Phosphatresten der dA/dT-Sequenz . Die Aminosäuren und die Phosphatreste sind raumfüllend dargestellt. Das nicht sequenzspezifisch an DNA bindende Protein HU ist in seiner Struktur dem IHF äußerst ähnlich - es hat in den Armen an gleicher Stelle interkalierende Proline und ein Arginin, die mit der minor groove wechselwirken. Ein Unterschied ist Arg46 in der IHF-beta-Kette, das in allen IHF, aber nicht in HU vorkommt . Der Arm der IHF-alpha-Untereinheit liegt tiefer in der minor groove der DNA als der andere Arm, was auf die Summe mehrerer Wechselwirkungen zurückzuführen ist. Die wichtigsten Sequenzspezifität verursachenden Punkte werden hier im Ausschnitt gezeigt . Prolin65 interkaliert in der Konsensussequenz, Arg60 und Arg63 bilden Kontakte zu Basen und Ile71, Ile73 und Pro61 haben Kontakt zur Ribose der DNA (mit der Maus weiterdrehen!). Literatur: T Ellenberger & A Landy, Structure 5 (1997) 153-157; PA Rice, Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (1997) 86-93 Inhaltsverzeichnis . . . . 7-97 - R Bergmann http://www.biologie.uni-hamburg.de/lehre/bza/1ihf/1ihfm.htm
Die Knicke in der DNA werden durch Interkalation von konservierten Prolinresten der Arme (Proalpha65 und Probeta64) zwischen AT-Basenpaare bewirkt . Durch diese Einwirkung wird das basestacking aufgehoben und die minor groove geweitet. Das führt zu einer Richtungsänderung der DNA von etwa 80º an jedem der Proline . Die geknickte Struktur der DNA wird durch Wechselwirkung der Peptidkette im "Körper" von IHF mit Phosphatresten der DNA stabilisiert. Beteiligt sind in beiden Untereinheiten des IHF die Aminotermini der Helices und ein Turn zwischen beta-Strängen. Gezeigt sind hier die Kontakte auf einer Seite des Komplexes zwischen positiv geladenen Aminosäuren und Phosphatresten der dA/dT-Sequenz . Die Aminosäuren und die Phosphatreste sind raumfüllend dargestellt.
Das nicht sequenzspezifisch an DNA bindende Protein HU ist in seiner Struktur dem IHF äußerst ähnlich - es hat in den Armen an gleicher Stelle interkalierende Proline und ein Arginin, die mit der minor groove wechselwirken. Ein Unterschied ist Arg46 in der IHF-beta-Kette, das in allen IHF, aber nicht in HU vorkommt . Der Arm der IHF-alpha-Untereinheit liegt tiefer in der minor groove der DNA als der andere Arm, was auf die Summe mehrerer Wechselwirkungen zurückzuführen ist. Die wichtigsten Sequenzspezifität verursachenden Punkte werden hier im Ausschnitt gezeigt . Prolin65 interkaliert in der Konsensussequenz, Arg60 und Arg63 bilden Kontakte zu Basen und Ile71, Ile73 und Pro61 haben Kontakt zur Ribose der DNA (mit der Maus weiterdrehen!). Literatur: T Ellenberger & A Landy, Structure 5 (1997) 153-157; PA Rice, Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (1997) 86-93 Inhaltsverzeichnis . . . . 7-97 - R Bergmann http://www.biologie.uni-hamburg.de/lehre/bza/1ihf/1ihfm.htm
Der Arm der IHF-alpha-Untereinheit liegt tiefer in der minor groove der DNA als der andere Arm, was auf die Summe mehrerer Wechselwirkungen zurückzuführen ist. Die wichtigsten Sequenzspezifität verursachenden Punkte werden hier im Ausschnitt gezeigt . Prolin65 interkaliert in der Konsensussequenz, Arg60 und Arg63 bilden Kontakte zu Basen und Ile71, Ile73 und Pro61 haben Kontakt zur Ribose der DNA (mit der Maus weiterdrehen!).
Literatur: T Ellenberger & A Landy, Structure 5 (1997) 153-157; PA Rice, Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (1997) 86-93
